Øresund udgør sammen med Storebælt og Lillebælt en del af overgangsområdet mellem Nordsøen og Østersøen, hvor indstrømmende saltholdigt vand fra Nordsøen mødes og blandes med det udstrømmende ferske vand fra Østersøens opland. Vandgennemstrømningen i Øresund har derfor betydning som rammevilkår for havmiljøet i Øresund og Østersøområdet.
Udvekslingen af vand gennem Øresund styres overordnet af vandstandene i Kattegat og den vestlige Østersø og af flaskehalsen i den nordlige del af Øresund mellem Helsingør og Helsingborg. De nævnte vandstandsforhold er bestemt af forløbet og intensiteten af de oceaniske og meteorologiske fænomener over Nordsøen og Østersøen, som derfor er bestemmende for vandgennemstrømningen i de dybere centrale dele af Øresund, herunder i de uddybede løb (Flinterenden og Hollænderdybet/Drogden) i tærskelområdet mellem Dragør og Limhamn.
Hovedforløbet af tunnelen bliver gravet ned under havbunden og påvirker derfor ikke hydrografien (strøm og bølger) i området. Sænketunnelens to mulige nordlige tilslutningsanlæg på Nordhavnen og Lynetteholm vil blive etableret på land i hhv. den eksisterende nordhavnsopfyldning og den kommende Lynetteholm, og påvirker derfor ikke de hydrografiske forhold i hverken i anlægs- eller driftsfasen.
Den øvrige del af tunnelen fra Lynetteholm til tilslutningsanlægget ved Øresundsbroen bliver sænket ned under havbunden uden en blokerende effekt for vandstrømmene. En nærmere vurdering af Østlig Ringvejs påvirkning af hydrografien er derfor afgrænset til en vurdering af de hydrografiske forhold omkring tilslutningsanlæggene. De to mulige sydlige tilslutningsanlæg Prøvestenen og Øresundsmotorvejen, som tænkes anlagt ud fra den nuværende kyst, vil påvirke strøm og bølger lokalt.
I den kommende miljøkonsekvensvurdering vil de lokale påvirkninger af strøm- og bølgeforhold blive undersøgt og analyseret nøje med henblik på at fastlægge projektets endelige udformning ud fra en building with nature-tilgang, sådan at de omkringliggende kyster, herunder Amager Strandpark, samt lokale havne ikke påvirkes negativt. Alle steder på kysten vil blive sikret en bedst mulig vandudskiftning, så f.eks. større sæsonbetingede ophobninger af tang undgås, og der sikres gode badeforhold.